Maaeluministeeriumi tegevuse eesmärk on luua tingimused Eesti maaelu, põllu- ja kalamajanduse jätkusuutlikuks ja mitmekesiseks arenguks, tagada ohutu ja nõuetekohane toit ja sööt ning hea loomatervise ja -kaitse ning taimetervise ja -kaitse alane olukord.

Eesmärkide täitmiseks töötab ministeerium välja valdkondlikku poliitikat, õigusakte ning nõudeid, korraldab nende rakendamise ning tulemuste hindamise.

Maaeluministeerium koostab riiklikud programmid põllumajanduskultuuride geneetilise ressursi kogumiseks ja säilitamiseks.